Cơ cấu tổ chức của Đại học Quốc gia Hà Nội hiện gồm 7 trường thành viên gồm: Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Khoa học xã hội và Nhân văn, Trường Đại học Ngoại ngữ, Trường Đại học Công nghệ, Trường Đại học Kinh tế, Trường Đại học Giáo dục và Trường Đại học Việt Nhật. Bên cạnh đó, trường cũng có các khoa và trung tâm đào tạo, các đơn vị thực hiện nhiệm vụ đặc biệt, các viện nghiên cứu khoa học, hội đồng khoa học...

Đại học Quốc gia Hà Nội là trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học, chuyển giao tri thức và công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực, chất lượng cao. Tầm nhìn năm 2030 của Đại học Quốc gia Hà Nội là trở thành đại học định hướng nghiên cứu, đa ngành, đa lĩnh vực có tính hội nhập cao, trong đó, một số trường đại học, viện nghiên cứu thành viên thuộc các lĩnh vực khoa học cơ bản, công nghệ cao và kinh tế - xã hội mũi nhọn đạt trình độ tiên tiến châu Á.