Cụ thể, Bộ Công thương đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ Tài chính và các Bộ, ngành liên quan xem xét, đề xuất việc đưa mặt hàng phân bón vào diện chịu thuế giá trị gia tăng ở mức 0%, để tạo điều kiện phát triển sản xuất.

Liên tiếp trong năm 2016, hàng loạt doanh nghiệp, đại diện cơ quan quản lý chỉ ra chính sách thuế giá trị gia tăng VAT đối với phân bón đang khiến doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước điêu đứng.

Theo các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước, sau khi mặt hàng phân bón được đưa vào danh mục không chịu thuế VAT theo Luật 71 năm 2014, có hiệu lực từ đầu năm 2015, khiến doanh nghiệp bị thiệt hại hàng tỷ đồng, do giảm doanh thu, lợi nhuận và người nông dân không hưởng lợi mà phân bón lại tăng cao.

Việc phân bón thuộc danh mục mặt hàng không chịu thuế VAT còn không khuyến khích doanh nghiệp sản xuất đầu tư công nghệ mà tạo thuận lợi cho phân bón giả, kém chất lượng hoành hành.

Nhà máy Đạm Phú Mỹ có công suất thiết kế 800.000 tấn/năm. Đại diện doanh nghiệp cho biết, trước đây, tuy phân bón phải chịu thuế VAT 5% nhưng nguyên liệu đầu vào chủ yếu là khí có thuế VAT 10% nên được khấu trừ thuế. Đến nay, theo Luật thuế số 71, mặt hàng này không phải chịu thuế VAT đầu ra nhưng lại không được khấu trừ thuế VAT đầu vào khiến chi phí sản xuất của doanh nghiệp tăng 400 tỷ/năm.

Trong khi đó, phân bón nhập khẩu được giảm 5% thuế VAT khiến giá rẻ hơn phân bón nội. Hầu hết các nhà máy phân bón trong nước đã phải giảm sản lượng vì bị phân bón nhập khẩu cạnh tranh quyết liệt.

Theo Hiệp hội phân bón Việt Nam, áp dụng theo Luật 71 thì các sản phẩm phân bón nhập khẩu đã rẻ càng rẻ hơn. Chính vì thế, khi Luật 71 có hiệu lực, nhập khẩu phân ure về Việt Nam lên tới 652.000 tấn, tăng gấp 3 lần so với năm 2014 - khi chưa có Luật này.

Các doanh nghiệp cho rằng, nếu không sửa Luật thuế 71 theo hướng đưa phân bón vào diện chịu thuế VAT thì ngành sản xuất phân bón trong nước khó trụ vững trong thời gian tới.