Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Trần Hồng Hà làm Chủ tịch Hội đồng. Phó Chủ tịch Hội đồng là ông Lê Công Thành, Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường.

Các thành viên Hội đồng gồm đại diện các Bộ: Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Xây dựng, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương, Giao thông vận tải, Khoa học và Công nghệ, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Văn phòng Chính phủ; các chuyên gia gồm: GS.TS Nguyễn Thị Kim Thái; PGS.TS Ngô Lê Long; PGS.TS Phạm Quý Nhân; PGS.TS Nguyễn Tiền Giang.

Cục Quản lý tài nguyên nước thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường là Cơ quan thường trực của Hội đồng.

Hội đồng có nhiệm vụ xem xét, thẩm định Nhiệm vụ lập Quy hoạch tài nguyên nước thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050, chịu trách nhiệm về kết quả thẩm định và báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thẩm định để làm căn cứ quyết định phê duyệt Nhiệm vụ quy hoạch.

Hội đồng tự giải thể sau khi hoàn thành nhiệm vụ.