Trong đó, về tổ chức bộ máy chính quyền đặc khu, tiếp tục rà soát cơ cấu, tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của Hội đồng nhân dân (HĐND) và Ủy ban nhân dân (UBND) bảo đảm tinh gọn, hiệu lực và hiệu quả; rà soát, hoàn thiện mối quan hệ giữa các cơ quan Trung ương, 03 địa phương với đặc khu bảo đảm phân cấp rõ thẩm quyền gắn với xác định rõ trách nhiệm; hoàn thiện các quy định bảo đảm an ninh, quốc phòng; quy hoạch trong đó có vấn đề bảo đảm an ninh, quốc phòng phải triển khai lập, phê duyệt trước.

Về cơ chế, chính sách đặc biệt về đầu tư kinh doanh, rà soát, hoàn thiện quy định về ngành nghề ưu tiên phát triển và ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, các ưu đãi cho các nhà đầu tư trên cơ sở nguyên tắc được quán triệt theo Thông báo Kết luận số 21-TB/TW ngày 22/3/2017 của Bộ Chính trị, bảo đảm ưu đãi vượt trội so với quy định hiện hành và cạnh tranh được với các đặc khu kinh tế trên thế giới để thu hút đầu tư. Bảo đảm các ưu đãi về thuế, đất đai theo mức ưu đãi và thời hạn ưu đãi trong ngành nghề ưu tiên phát triển của từng đặc khu.

Về áp dụng điều kiện đầu tư kinh doanh: Cần rà soát bảo đảm việc áp dụng điều kiện đầu tư kinh doanh, các ưu đãi cho nhà đầu tư chỉ áp dụng đối với hoạt động đầu tư, kinh doanh trong phạm vi đặc khu và phải kiểm soát được hoạt động này. Đồng thời bổ sung quy định “mở” cho phép Thủ tướng Chính phủ quyết định không áp dụng một hoặc một số ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, điều kiện đầu tư, kinh doanh tại đặc khu (không chỉ tại khu chức năng thuộc đặc khu (khoản 4 Điều 17)); báo cáo cụ thể, đánh giá tác động về mức ưu đãi, thời hạn ưu đãi, mức đầu tư của ngân sách nhà nước cho các đặc khu và dự báo các lợi ích thu được, kiểm soát bội chi của ngân sách đặc khu.

Về tổ chức và hoạt động của Tòa án nhân dân đặc khu, Bộ Kế hoạch và Đầu tư phối hợp với các Uỷ ban của Quốc hội, các cơ quan liên quan nghiên cứu, thống nhất, hoàn thiện quy định về tổ chức và thẩm quyền của Tòa án nhân dân và các cơ quan tư pháp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

Về vấn đề chuyển tiếp và triển khai thi hành Luật, hoàn thiện Nghị quyết về việc thi hành Luật trong đó, quy định đầy đủ, toàn diện các nội dung về tổ chức triển khai thi hành Luật và chuyển tiếp, trách nhiệm của các cơ quan có liên quan trong triển khai thi hành Luật; bổ sung các quy định giao Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ hướng dẫn thực hiện các quy định của luật bảo đảm linh hoạt, khả thi trong triển khai.

Giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các bộ, cơ quan liên quan; đồng thời đề nghị các Bộ, cơ quan liên quan, căn cứ báo cáo của các Bộ, cơ quan, ý kiến của các Thành viên Ban Chỉ đạo, kết luận của Thủ tướng Chính phủ tại cuộc họp Ban Chỉ đạo quốc gia về xây dựng các Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, khẩn trương rà soát tổng thể các nhiệm vụ triển khai thi hành Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, xây dựng Kế hoạch hoạt động của Ban chỉ đạo đồng thời tổ chức triển khai ngay các nhiệm vụ theo chức năng, nhiệm vụ được phân công.