Thứ nhất, tăng thu ngân sách đối với thuế nhập khẩu trong khi vẫn giữ mặt bằng giá bán trong nước. Đối với nông dân có cơ hội yêu cầu doanh nghiệp bán giá mới thấp hơn, yêu cầu doanh nghiệp phân bón thực hiện nguyên tắc đúng theo Luật, được khấu trừ đầu vào cần hạ mặt bằng giá bán.

Thứ hai, chúng ta đang hướng đến kinh tế xanh, kinh tế tuần hoàn, tiến tới kinh tế nông nghiệp nông thôn. Hiện có rất nhiều doanh nghiệp lớn đầu tư về nông thôn, việc áp thuế VAT giúp doanh nghiệp phân bón được khấu trừ kê khai thuế VAT đầu vào.

Dự thảo luật sửa đổi điều này có nhiều điểm quan trọng, vẫn giữ nguyên 26 hàng hóa không chịu thuế nhưng 12 hàng hóa dịch vụ được đưa ra diện chịu thuế, tính chất liên hoàn tốt hơn. Quy định khấu trừ thuế đầu vào hiện cũng đã chặt chẽ hơn, tránh gian lận, kiểm soát bằng hóa đơn điện tử, đảm bảo minh bạch trong kê khai VAT đầu vào.

Thứ ba, có những doanh nghiệp chuyên sản xuất mặt hàng chịu thuế 5% nhưng đầu vào 10%, trước đó phân bón thuốc trừ sâu, ngành dược, thiết bị… thuế đầu ra thấp hơn đầu vào, nhà nước hoàn lại cho doanh nghiệp, tránh doanh nghiệp bị mất vốn.

Phân tích trên được ông Phụng đưa ra tại Tọa đàm “Sửa thuế để thúc đẩy hoạt động doanh nghiệp” do Báo Đầu tư tổ chức ngày 14/6. Ông Phụng cho biết hiện nay có gần 100.000 tỷ thuế VAT đầu vào không được khấu trừ, đang nằm ở các doanh nghiệp đang hạch toán ghi nợ tài khoản kế toán - tài khoản 133, thuế VAT đầu vào được khấu trừ nhưng không được khấu trừ, nó là một khoản mất vốn. “Với quy định này của Luật thuế giá trị gia tăng, doanh nghiệp sẽ tốt hơn", ông Phụng nói. 

Trước đây khi áp dụng Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2008, phân bón là đối tượng chịu thuế VAT 5%. Tuy nhiên, Luật số 71 ban hành ngày 26/11/2014 quy định phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp thuộc đối tượng không chịu thuế VAT kể từ ngày 1/1/2015. Từ đó, ngành phân bón gặp khó khăn hơn cả khi chịu thuế VAT.

Theo ông Phụng, việc không áp thuế giá trị gia tăng đã tạo ra nhiều hệ lụy nghiêm trọng trong suốt 10 năm qua. Doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào cho nguyên vật liệu, máy móc và dịch vụ, dẫn đến giá thành sản phẩm tăng cao. 

Ông Phụng đề nghị cần phải giải thích rõ cho nông dân việc áp dụng thuế VAT 5% là người dân hưởng lợi chứ không phải giá phân bón sẽ tăng lên 5% vì giá đầu vào đã được khấu trừ không có lý gì giá bán ra tăng.

Bởi khi doanh nghiệp được khấu trừ thuế đầu vào, giá thành sản xuất phân bón sẽ giảm, điều này có nghĩa là giá bán lẻ phân bón cho nông dân sẽ không tăng thêm 5% như nhiều người lo ngại. Thay vào đó, nông dân sẽ được hưởng lợi từ sự giảm giá này vì doanh nghiệp có thể giảm giá bán sản phẩm đầu ra, làm cho phân bón trở nên rẻ hơn hoặc ít nhất là duy trì ở mức giá hiện tại.

Đồng thời, khi áp dụng thuế VAT 5%, nguồn thu từ thuế này có thể được sử dụng để hỗ trợ nông nghiệp thông qua các chương trình khuyến khích, đào tạo và cải tiến kỹ thuật. Những khoản đầu tư này sẽ giúp nâng cao năng suất và chất lượng nông sản, giảm chi phí sản xuất và tăng thu nhập cho nông dân. Nông dân sẽ có nhiều cơ hội tiếp cận với các công nghệ mới, cải thiện kỹ năng canh tác và tận dụng tốt hơn các nguồn lực hiện có.

Ví dụ, trước đây một doanh nghiệp sản xuất phân bón không được khấu trừ thuế VAT đầu vào, dẫn đến chi phí sản xuất tăng cao. Khi doanh nghiệp bán sản phẩm, giá bán phải bao gồm toàn bộ chi phí này. Tuy nhiên, khi thuế VAT 5% được áp dụng và cho phép khấu trừ đầu vào, chi phí sản xuất giảm, và giá bán ra có thể duy trì hoặc thậm chí giảm xuống. Điều này có nghĩa là nông dân không phải chịu gánh nặng chi phí tăng lên.

Trong bối cảnh xã hội già hóa nhanh và nhu cầu về an sinh xã hội, quốc phòng, an ninh ngày càng cao, ông Phụng khẳng định việc điều chỉnh thuế VAT là cần thiết. “Chiến lược cải cách thuế đến năm 2030 của Việt Nam hướng tới một thuế suất thống nhất, có thể là 10% hoặc cao hơn, thay vì 5%. Tại Việt Nam, mức thuế điều chỉnh sẽ phụ thuộc vào sức khỏe nền kinh tế và sức mua của thị trường, luôn đặt lợi ích của 100 triệu dân lên hàng đầu”, ông Phụng nói.