Theo Tổng cục Hải quan, nguyên tắc phân luồng được thực hiện dựa trên sự đánh giá rủi ro, phân luồng quyết định kiểm tra được thực hiện theo các quy định pháp luật. Trên cơ sở đó, hàng hóa được phân luồng dựa trên việc áp dụng các phân lớp nhóm tiêu chí , cụ thể là:

Các quy định của pháp luật quản lý chuyên ngành(ví dụ mặt hàng phế liệu sắt thép, nhựa, giấy nhập khẩu theo quy định tại Thông tư 43/2010/TT-BTNMT ngày 29/12/2010: “Cơ quan Hải quan kiểm tra trực tiếp bằng mắt thường tại chỗ” do đó mặt hàng này phải được áp dụng tiêu chí phân luồng đỏ hoặc áp dụng tiêu chí phân luồng kiểm tra hồ sơ đối với các quy định của pháp luật quản lý chuyên ngành quy định phải xuất trình giấy kiểm tra chất lượng, giấy phép...);

Các quy định của pháp luật hải quan, pháp luật thuế (ví dụ theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 33 Luật Hải quan hàng an ninh quốc phòng được miễn kiểm tra thực tế do đó không áp dụng phân luồng kiểm tra thực tế đối với hàng hóa này).

Kết quả đánh giá rủi ro tuân thủ doanh nghiệp (hệ thống tự động đánh giá tuân thủ doanh nghiệp dựa trên các thông tin về doanh nghiệp được cập nhật vào hệ thống trên cơ sở tiêu chí đánh giá tuân thủ doanh nghiệp);

Thông tin nghiệp vụ hải quan và kết quả phân tích, đánh giá rủi ro (thông tin rủi ro) được cung cấp, cập nhật bởi các đơn vị nghiệp vụ tại Hải quan các cấp (ví dụ các đơn vị nghiệp vụ hải quan các cấp có thông tin một doanh nghiệp nhập hàng cấm và cung cấp cho đơn vị Quản lý rủi ro cùng cấp để áp dụng tiêu chí kiểm tra thực tế tùy theo mức độ vi phạm đối với doanh nghiệp này).

Ngoài ra, các nguyên tắc chuyển luồng cũng được cơ quan hải quan chia sẻ, theo đó, trong quá trình kiểm tra hải quan, nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan, pháp luật thuế, công chức hải quan có trách nhiệm báo cáo, đề xuất Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định thay đổi hình thức, mức độ kiểm tra phù hợp.

Trường hợp người khai hải quan không nộp được chứng từ theo yêu cầu của cơ quan hải quan hoặc qua kiểm tra các chứng từ, cơ quan hải quan chưa đủ cơ sở để xác định tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế thì thực hiện lấy mẫu phân tích, giám định theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính về phân loại hàng hóa, phân tích để phân loại hàng hóa, phân tích để kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu hoặc báo cáo Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định kiểm tra thực tế hàng hóa.

Trong quá trình kiểm tra, giám sát hải quan, nếu cơ quan Hải quan phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật, cơ quan Hải quan thực hiện việc chuyển luồng hoặc dừng hàng qua khu vực giám sát để kiểm tra.