Cụ thể, vào tháng 4/2014, khi đại công trình mở rộng Quốc lộ 1 và đường Hồ Chí Minh qua Tây Nguyên mới bắt đầu triển khai, Bộ trưởng Bộ GTVT khi đó là ông Đinh La Thăng đã có văn bản số 4771/BGTVT- TC gửi Kiểm toán Nhà nước đề nghị kiểm toán các dự án này.

Lý do được Bộ GTVT đưa ra là để giúp các chủ đầu tư/ban quản lý dự án và các đơn vị liên quan kịp thời chấn chỉnh các tồn tại ngay trong quá trình thi công, tuân thủ các quy định quản lý đầu tư XDCB, phòng ngừa, ngăn chặn những sai sót ngây thiệt hại cho Nhà nước trong quá trình thi công; qua đó nhằm thúc đẩy nhanh quá trình thực hiện các dự án, thực hiện công khai, minh bạch trong công tác quản lý đầu tư XDCB.

Tại công văn số 4771, Bộ GTVT đề nghị Kiểm toán Nhà nước triển khai ngay công tác kiểm toán đối với công trình mở rộng Quốc lộ 1 (gồm 21 dự án sử dụng trái phiếu Chính phủ và 18 dự án BOT); đường Hồ Chí Minh qua Tây Nguyên (7 dự án trái phiếu và 5 dự án BOT).

“Bộ sẽ chỉ đạo các chủ đầu tư, Ban quản lý dự án phối hợp kịp thời với Kiểm toán Nhà nước, tạo mọi điều kiện thuận lợi để công tác kiểm toán các dự án này đảm bảo đúng quy định”, công văn số 4771 nêu rõ.

Trong báo cáo số 25/CP – CN ngày 30/1/2019 về việc tổng kết tình hình thực hiện dự án đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP) gửi Quốc hội, Chính phủ, nhằm giúp hoàn thiện việc triển khai các dự án PPP, trong thời gian qua, đã có nhiều đoàn kiểm tra, thanh tra, kiểm toán các dự án PPP cấp trung ương và các cấp bộ, ngành, địa phương. Riêng lĩnh vực giao thông vận tải, tính đến tháng 7/2018, Thanh tra Chính phủ, Thanh tra các Bộ, ngành đã ban hành 48 kết luận thanh tra đối với 50 dự án PPP giao thông vận tải; Kiểm toán Nhà nước đã ban hành 81 kết luận và thông báo đối với 55 dự án PPP giao thông. Bên cạnh đó, Uỷ ban thường vụ Quốc hội đã tiến hành giám sát trong hơn 7 tháng đối với các dự án BOT do Bộ Giao thông vận tải là CQNNCTQ và đã ban hành Nghị quyết số 437/NQ-UBTVQH14 ngày 21/10/2017.

Qua kết luận của các đoàn kiểm tra, thanh tra, kiểm toán, có thể thấy các vấn đề tồn tại lặp lại ở nhiều dự án PPP (đặc biệt là các dự án BOT thực hiện trong giai đoạn trước năm 2015) trong công tác lựa chọn dự án, lựa chọn nhà đầu tư, quản lý chi phí, quản lý thực hiện hợp đồng, cụ thể: công tác công bố dự án, danh mục dự án chưa được thực hiện nghiêm túc, công khai; hầu hết các dự án được thực hiện thanh tra, kiểm toán đều áp dụng hình thức chỉ định thầu để lựa chọn nhà đầu tư, dẫn đến làm giảm sự cạnh tranh, minh bạch trong công tác lựa chọn nhà đầu tư, tiềm ẩn rủi ro lãng phí, thất thoát và chọn nhà đầu tư không có đủ năng lực thực hiện dự án; công tác giám sát trong quá trình thực hiện hợp đồng còn lỏng lẻo, dẫn đến chất lượng thường không đảm bảo, công trình xuống cấp nhưng không được khắc phục kịp thời.

Bên cạnh đó, đối với dự án BOT giao thông, xuất hiện các bất cập về mức phí, vị trí đặt trạm thu phí, thời gian thu phí. Bên cạnh đó, chưa có quy định rõ ràng về việc lựa chọn những dự án “nâng cấp, cải tạo” hay đầu tư tuyến mới để thực hiện theo hình thức hợp đồng BOT, dẫn đến việc người dân chưa có được sự chủ động trong việc lựa chọn các tuyến đường độc đạo. Đặc biệt, cơ chế giám sát đặc biệt là các cơ chế giám sát doanh thu của nhà đầu tư, chế tài xử lý vi phạm của nhà đầu tư cũng như cơ quan nhà nước có thẩm quyền còn thiếu, chưa chặt chẽ. Việc quy định về vai trò, trách nhiệm của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và nhà đầu tư còn thiếu, cụ thể về cơ chế chính sách chia sẻ rủi ro, giải quyết tranh chấp giữa các bên tham gia thực hiện dự án.

Các kết luận thanh tra, kiểm toán cũng chỉ rõ vai trò của người sử dụng dịch vụ chưa được quan tâm đúng mức, thiếu quy định về trình tự, hình thức tham vấn của chính quyền địa phương với các đối tượng chịu ảnh hưởng trực tiếp của dự án. Mặt khác, chưa có quy định để người sử dụng dịch vụ phản hồi việc cung cấp dịch vụ đối với các cơ quan quản lý nhà nước, làm hạn chế chất lượng cung ứng dịch vụ.