Bắt đầu từ 1/4/2014, Tổng cục Hải quan triển khai Hệ thống thông quan tự động VNACCS/VCIS, toàn bộ tờ khai mà doanh nghiệp khai báo đều được thực hiện bằng phương thức điện tử. Để tham gia khai báo trên Hệ thống, một trong những điều kiện bắt buộc đối với doanh nghiệp là phải đăng ký chữ ký số với cơ quan Hải quan. Quá trình này giúp doanh nghiệp chứng thực những thông tin khai báo trên tờ khai hải quan khi gửi đến cho cơ quan Hải quan (xác nhận qua chữ ký số là đúng các thông tin mà  doanh nghiệp gửi đến để làm thủ tục hải quan).

Tuy nhiên, một thực trạng đáng báo động được cơ quan Hải quan phát hiện là việc lợi dụng chữ ký số để cố tình khai báo sai tên hàng hóa được miễn kiểm tra thực tế hàng hóa với nhiều phương thức thủ đoạn tinh vi. Chính những cán bộ được doanh nghiệp tin tưởng phân công thực hiện khai báo hải quan lại sử dụng chữ ký số để buôn lậu. Các doanh nghiệp chỉ biết được sự thật khi lực lượng Hải quan tiến hành điều tra, làm rõ vụ việc. Nguyên nhân dẫn đến tình trạng này là do nhiều doanh nghiệp còn chưa nắm kỹ về các biện pháp bảo mật chữ ký số, vì vậy tạo ra sơ hở để đối tượng buôn lậu lợi dụng. Mặt khác, một số đối tượng khi làm thủ tục đã đăng ký, sử dụng chữ ký số của nhiều đơn vị cung cấp, sau đó cất giữ chữ ký số trái phép và sử dụng vào mục đích bất chính.

Điển hình là mới đây nhất Cục Điều tra chống buôn lậu (Tổng cục Hải quan) ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự xảy ra tại Công ty TNHH B.C.P và chuyển hồ sơ vụ việc cho Cơ quan cảnh sát điều tra (Bộ Công an) tiếp tục thụ lý. Chính cán bộ do Công ty này giao phụ trách khai báo hải quan đã tự ý đăng ký, sử dụng nhiều chữ ký số (đều đứng tên Công ty B.C.P) để khai báo hải quan. Cụ thể, sử dụng chữ ký số do Công ty B.C.P đứng tên, đối tượng đã tiến hành khai báo hải quan cho lô hàng là “Lưới bảo vệ bằng thép để lót sản phẩm gỗ” gồm 3 container loại 40 feet. Từ kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa, cơ quan Hải quan phát hiện không có mặt hàng lưới bảo vệ bằng thép để lót sản phẩm gỗ đã khai báo mà là hàng chục nghìn sản phẩm sữa Ensure và thực phẩm bổ sung sữa Glucerna hương vani (hiệu Abbott), đều có xuất xứ Mỹ.