Tuy nhiên, bên cạnh việc các bộ, ngành đã thực hiện cắt giảm Danh mục thì có bộ, ngành tăng số lượng mặt hàng thuộc lĩnh vực quản lý, cụ thể, Ban Cơ yếu Chính phủ tăng 17 mặt hàng; có lĩnh vực mặt hàng tăng trong khi tổng Danh mục thuộc bộ quản lý giảm, ví dụ lĩnh vực trang thiết bị y tế thuộc Bộ Y tế quản lý tăng 32 nhóm mặt hàng.
Bên cạnh việc cắt giảm danh mục, các bộ cũng đã triển khai các giải pháp như thay đổi phương thức kiểm tra, áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra, nhiều mặt hàng đã được chuyển thời điểm kiểm tra từ giai đoạn trước thông quan sang sau thông quan, tăng đối tượng được miễn kiểm tra, minh bạch hóa danh mục hàng hóa kèm mã số HS, bãi bỏ những quy định không phù hợp.
Tuy vậy, hiện nay công tác quản lý, kiểm tra chuyên ngành vẫn tồn tại một số bất cập như: Có nhiệm vụ được giao, các bộ triển khai chậm; việc phối hợp rà soát các Danh mục chuyên ngành còn nhiều hạn chế. Có những danh mục được các bộ, ngành đề nghị áp mã đến 3000 dòng hàng nhưng thời hạn chỉ 5-7 ngày…
Theo Tổng cục Hải quan chỉ khi các bộ quản lý chuyên ngành cải cách một cách thực chất công tác quản lý và kiểm tra chuyên ngành thì Cơ chế một cửa quốc gia mới có thể phát huy tối đa hiệu quả quản lý.
Tại hội nghị giám sát các giải pháp cải cách kiểm tra chuyên ngành, giảm thời gian thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu do Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam tổ chức mới đây, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ cho biết, tạo thuận lợi phải đi với chống gian lận thương mại, yêu cầu các bộ, ngành rà soát tính phù hợp, chặt chẽ trong cắt giảm thủ tục hải quan chuyên ngành.
“Thủ tục, mặt hàng nhập khẩu nào không hợp lý thì cắt giảm, nhưng thủ tục, mặt hàng nhập khẩu không đáng cắt mà lại cắt, bãi bỏ thủ tục kiểm tra chuyên ngành mà không hợp lý, phải rà lại. Nếu cắt giảm máy móc thì dễ bị lợi ích nhóm lợi dụng khi có việc các nhóm lợi ích vận động để các bộ, Chính phủ cắt giảm thủ tục và danh mục mặt hàng kiểm tra. Đây là vấn đề có tính 2 mặt, phải suy xét thấu đáo” - Phó Thủ tướng nhấn mạnh.