Vụ án Phạm Công Danh là một trong những vụ án trọng điểm, bởi hậu quả nghiêm trọng. Chỉ trong một thời gian ngắn, VNCB từ chỗ lỗ hơn 2.800 tỷ đồng, nhưng cho tới thời điểm vụ án được khởi tố, thì vốn chủ sở hữu đã ở mức âm hơn 18.000 tỷ đồng. Dưới sự quản trị của Phạm Công Danh và các đồng phạm, VNCB không những không được tái cơ cấu theo chiều hướng tốt hơn như mục đích mua lại TrustBank (tiền thân của VNCB) ban đầu, mà còn kéo ngân hàng xuống dốc không phanh. Vì thế, đại diện Viện Kiểm sát cho biết, đã cân nhắc, làm rõ những sai phạm của các bị cáo, cân nhắc những yếu tố giảm nhẹ, hành vi phạm tội… việc truy tố các bị cáo là đúng người, đúng tội.

Trong đó, 2 cựu lãnh đạo cấp cao của VNCB là Phạm Công Danh và Phan Thành Mai bị truy tố về cho vay sai quy định. Cụ thể, do cần tiền để trả nợ cho nhóm Phú Mỹ (bà Hứa Thị Phấn) khi mua lại TrustBank, chi trả lãi suất ngoài cho nhóm bà Trần Ngọc Bích (với khoản tiền gửi tiết kiệm khoảng 6.000 tỷ đồng)… Phạm Công Danh đã chỉ đạo các bị cáo khác lập các công ty để rút tiền của VNCB, bởi vậy, bị cáo Danh bị truy tố với tội danh cho vay sai quy định. Với tội danh bị truy tố như vậy, quan điểm của Viện Kiểm sát là “đúng người, đúng tội”.

Bị cáo Mai cũng bị truy tố các tội danh liên quan đến các khoản vay, thay mặt HĐQT VNCB ký duyệt các khoản vay, vi phạm các quy định về cho vay với vai trò đồng phạm giúp sức cho Danh là hoàn toàn có căn cứ, đúng người, đúng tội. Đồng thời, Viện Kiểm sát cho rằng, đối với việc tiền bị rút ra khỏi ngân hàng, bị cáo Phan Thành Mai phải chịu trách nhiệm về khoản 5.490 tỷ đồng (của nhóm Trần Ngọc Bích) mà Phạm Công Danh rút tiền khỏi VNCB, vì theo lời khai của các bị cáo, việc rút tiền này thực hiện dưới sự chỉ đạo của Phan Thành Mai.

Ngoài ra, với các bị cáo khác nguyên lãnh đạo VNCB như: Mai Hữu Khương, Hoàng Đình Quyết, Nguyễn Quốc Viễn, Phan Minh Tùng, Lê Công Thảo đều phải chịu trách nhiệm về thiệt hại gây ra của mình. Cho dù trong các phiên thẩm vấn trước đó tại Tòa, các bị cáo này đều cho biết, làm theo chỉ đạo của cấp trên, do áp lực cứu thanh khoản ngân hàng. Chẳng hạn, với bị cáo Lê Công Thảo, Viện Kiểm sát đã bác bỏ lời khai và cho rằng, nếu không có sự tham gia và chữ ký của Lê Công Thảo, thì Phạm Công Danh không thể rút được tiền của Ngân hàng qua dự án nâng cấp CoreBanking.

Đối với bị cáo Hoàng Đình Quyết, việc bị truy tố về tội danh cố ý làm trái quy định của Nhà nước là hoàn toàn chính xác. Ngoài ra, Quyết cũng phải chịu trách nhiệm về thiệt hại gây ra từ việc rút số tiền 5.190 tỷ đồng của nhóm Bích.

Bên cạnh đó, Viện Kiểm sát yêu cầu truy tố trách nhiệm và xem xét khởi tố Phạm Thị Trang (Trang Phố Núi) - người được cho là làm cầu nối trong vụ việc kết nối cho vay 5.190 tỷ đồng giữa Trần Ngọc Bích và Phạm Công Danh. Đối với bà Trần Ngọc Bích, Giám đốc Tân Hiệp Phát, do trước phiên tòa vẫn chưa làm rõ việc cho Phạm Công Danh vay, hay vay tiền Phạm Công Danh và nay, vì lời khai cũng như đối chấp giữa hai bên về khoản tiền 5.490 tỷ đồng vẫn mâu thuẫn, trong khi Phạm Thị Trang đã trốn ra nước ngoài, nên chưa xác định được trách nhiệm hình sự của bà Bích. Về việc này, Phạm Công Danh cho rằng, việc vay tiền Bích là quan hệ dân sự.

Trước đó, tại các phiên xét hỏi, Phạm Công Danh đều khẳng định mong muốn bán tài sản để khắc phục được 100% hậu quả. Tại thời điểm bị bắt, cơ quan điều tra đã thu giữ tài sản trên người Phạm Công Danh cùng số tiền để ở khách sạn tổng cộng khoảng 12 tỷ đồng. Cơ quan điều tra đồng thời kê biên 37 bất động sản, gồm 14 bất động sản tại TP.HCM, số còn lại tại các tỉnh, thành khác như: Quảng Ngãi, Bình Dương, Bà Rịa - Vũng Tàu, Quảng Nam và Đà Nẵng. Các tài sản này đang được đảm bảo cho khoản vay 7.100 tỷ đồng ở 3 ngân hàng gồm: SouthernBank, VNCB và Agribank.