Qua thanh tra phát hiện vi phạm gần 97.500 tỷ đồng, gần 16.500 ha đất, kiến nghị thu hồi về ngân sách nhà nước hơn 24.000 tỷ đồng và 6.700 ha đất; xuất toán, loại khỏi giá trị quyết toán và đề nghị cấp có thẩm quyền xem xét xử lý gần 73.400 tỷ đồng, 9.750 ha đất, kiến nghị xử lý hành chính đối với 1.683 tập thể, xử phạt vi phạm hành chính với số tiền gần 11.500 tỷ đồng, chuyển cơ quan điều tra xử lý hình sự 67 vụ, 74 đối tượng.

Riêng Thanh tra Chính phủ thực hiện 52 cuộc thanh tra, ban hành kết luận 28 cuộc thanh tra, phát hiện vi phạm về kinh tế số tiền 4.171 tỷ đồng, 18 ha đất. Qua đó, kiến nghị thu hồi về ngân sách nhà nước gần 1.100 tỷ đồng, 18 ha đất, kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền xem xét, xử lý gần 3.100 tỷ đồng, chuyển cơ quan điều tra 08 vụ -11 đối tượng.

Thanh tra Chính phủ cũng ban hành thông báo kết luận về công tác quản lý trang thiết bị và công trình y tế tại Bộ Y tế giai đoạn (2011-2014). Thanh tra Chính phủ chỉ ra Bộ Y tế chưa ban hành các quy chuẩn về thiết bị y tế; chưa ban hành mới, sửa đổi, bổ sung các quy định về danh mục, thiết bị y tế thiết yếu của các tuyến và quy định về phân tuyến chuyên môn kỹ thuật trong khám chữa bệnh...

Tại Dự án cải tạo, mở rộng và nâng cấp Bệnh viện Nhi Trung ương giai đoạn 2, BV này và Tổng Công ty Xây dựng Hà Nội (Hancorp) đã quyết định thành lập Ban điều hành thi công gói thầu EPC.201,  là Tổng thầu thiết kế, cung cấp lắp đặt thiết bị, vật tư và xây lắp nhà hợp khối 15 tầng thuộc dự án này.

Theo Thanh tra Chính phủ, Hancorp là nhà thầu chính không giao cho đơn vị trực thuộc Hancorp thực hiện thi công hạng mục cọc khoan nhồi mà ký hợp đồng giao cho Công ty Cổ phần Đầu tư và Xây dựng số 4 - Vạn Xuân (nhà thầu phụ) thi công. Sau đó, nhà thầu phụ này cũng không thi công mà tiếp tục “bán” gói thầu cho 4 Công ty con thuộc Hancorp để hưởng chênh lệch hơn 13 tỷ đồng. Thanh tra Chính phủ đã đã đề nghị Bộ Công an vào cuộc điều tra làm rõ.

Tại một số bệnh viện đa khoa tỉnh đầu tư lớn song hoạt động không hiệu quả, xuống cấp nhanh. Trong số này có Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Định có quy mô điều trị 300 giường, mới đưa vào sử dụng từ tháng 2/2014 nhưng hiện hư hỏng hệ thống làm lạnh tại phòng mổ cùng máy bơm nước, hệ thống thang máy chuyển bệnh nhân trước và sau phẫu thuật...

Tại Sở Y tế Hà Nội có một số gói thầu xây dựng các bệnh viện không tuân thủ quy định. Chẳng hạn tại Bệnh viện Ung Bướu và Đa khoa Xanh Pôn một số gói thầu không đăng tải thông tin kế hoạch trên báo, hồ sơ dự thầu có bảo lãnh dự thầu không có giấy uỷ quyền...

Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ còn chỉ ra nhiều sai sót, vi phạm kinh tế trong đầu tư xây dựng công trình y tế tại một số Bệnh viện khác như: Bệnh viện Việt Nam - Thụy Điển, Bệnh viện Hữu Nghị Việt Nam - Cu Ba, Bệnh viện Phong - Da Liễu Trung ương Quy Hòa, Bệnh viện Thống Nhất, BV Chợ Rẫy, Bệnh viện Răng hàm mặt Trung ương TPHCM…

Trước hàng loạt sai phạm của Bộ Y tế về quản lý nhà nước về trang thiết bị và công trình y tế, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ này sớm trình Chính phủ ban hành Nghị định về trang thiết bị y tế, hoàn thiện khung pháp lý về danh mục này.

Bộ Y tế cần kiểm điểm một số cá nhân hoặc kiến nghị xử lý trách nhiệm các cá nhân trong việc không tham mưu cho Bộ trưởng phê duyệt lại dự án xây dựng trạm xử lý nước thải Bệnh viện Chợ Rẫy; xử lý số tiền trên 5,2 tỷ đồng thu sai, thu vượt quy định của Viện trang thiết bị và Công trình y tế.