Theo Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), trong quá trình thực hiện dự án đã tiết kiệm kinh phí, nhờ phương án xây dựng cầu Long Thành thay cầu dây văng theo yêu cầu nhà tài trợ bằng cầu bê tông cốt thép theo yêu cầu của Bộ GTVT tiết kiệm 2.000 tỉ đồng, ngoài ra tiết kiệm thông qua đấu thầu cạnh tranh quốc tế là 1.756 tỉ đồng. Hiện dự án đã hoàn thành việc quyết toán, giảm khoảng 2.455 tỉ đồng so với tổng mức đầu tư được duyệt lần 2.

Lý giải về việc công trình phải 2 lần điều chỉnh tổng mức đầu tư, VEC cho biết là Dự án được phê duyệt lần đầu bằng Quyết định số 334/QĐ-BGTVT ngày 13/02/2007, chiều dài 54,983km, tổng mức đầu tư là 9.890,62 tỷ đồng, được  chia làm hai dự án thành phần: Dự án thành phần 1 từ Km0 – Km4 (đoạn An Phú – Vành đai II), giao TP. Hồ Chí Minh làm Chủ đầu tư;  Dự án thành phần 2 từ Km4 – Km54+983 (đoạn Vành đai II - Dầu Giây) được giao cho VEC làm Chủ đầu tư. Tại thời điểm này chưa xác định rõ cơ cấu nguồn vốn và nhà tài trợ cho dự án.

Cần phải nói thêm rằng, Quyết định 334/QĐ-BGTVT đã nêu rõ: “Tổng mức đầu tư sẽ được điều chỉnh lại sau khi Thủ tướng Chính phủ quyết định cơ cấu nguồn vốn và tổng dự toán được duyệt”. Vì vậy, sau khi xác định được hai nhà đồng tài trợ là JICA và ADB cho Dự án, Bộ Giao thông vận tải đã có Quyết định số 2445/QĐ-BGTVT ngày 8/8/2008 điều chỉnh cơ cấu nguồn vốn đồng thời cập nhật các thay đổi, điều chỉnh về kỹ thuật, chi phí xây dựng.

Cụ thể, giá trị TMĐT điều chỉnh là 15.891 tỷ, tăng 6.001 tỷ với những lý do sau: chi phí GPMB tăng 1.400 tỷ đồng do yêu cầu của nhà tài trợ ADB (vốn GPMB do ADB tài trợ); giá trị dự phòng tăng 2.127 tỷ đồng theo quy định của Nhà tài trợ; bổ sung lãi vay giá trị 976 tỷ đồng; cập nhật thay đổi về thể chế, mức lương tối thiểu, giá nguyên vật liệu (thay đổi từ các thông tư hướng dẫn năm 2005 và 2006 bằng các thông tư năm 2007 áp dụng cho mức lương tối thiểu và một số thay đổi giá vật liệu khác); giá trị tăng 1.498 tỷ đồng.

Tới tháng 11.2012, dự án lại được điều chỉnh lần 2, lý do dự án thành phần 1 do TP.HCM làm chủ đầu tư không thu xếp được vốn. Giá trị được điều chỉnh tăng thêm khi sáp nhập thêm gói 1 vào cho VEC làm chủ đầu tư là 4.738 tỉ đồng, đưa tổng mức đầu tư dự án lên 20.630 tỉ đồng - hoàn toàn do việc bổ sung Dự án thành phần 1.

VEC cho biết, đối với Dự án thành phần 1, do việc chuyển đổi Chủ đầu tư dẫn đến tiến độ hoàn thành dự án bị chậm 3 năm so với ban đầu (theo Quyết định 334/QĐ-BGTVT, Dự án triển khai từ 2007 và hoàn thành năm 2012, nhưng do chuyển đổi Chủ đầu tư nói trên, VEC phải đàm phán lại các khoản vay cho thiết kế kỹ thuật, tư vấn giám sát, xây lắp với các nhà tài trợ cho tới giữa năm 2011 mới xong (khoản vay VN10-P7 do JICA tài trợ cho xây lắp ký tháng 6/2011). Tuy nhiên, trên thực tế các gói thầu xây lắp thuộc Dự án thành phần 1 sau khi giao lại cho VEC làm Chủ đầu tư thi công từ năm 2013 đã vượt tiến độ từ 2-6 tháng so với hợp đồng, kết thúc đầu năm 2015.

Đường cao tốc TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây là tuyến giao thông huyết mạch thuộc tuyến đường bộ cao tốc Bắc – Nam, hỗ trợ khai thác tối đa thế mạnh của từng địa phương trong vùng nói riêng và Vùng kinh tế trọng điểm phía Nam nói chung (gồm TP. Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bà Rịa Vũng Tàu, Long An, Tây Ninh, Bình Phước …), trong đó lĩnh vực vận tải và du lịch được hưởng lợi nhiều nhất.

Việc đưa vào khai thác đường cao tốc TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây đã rút ngắn 1/2 khoảng cách và 1/3 thời gian đi từ TP. Hồ Chí Minh đến các vùng lân cận, giảm được khoảng 30% chi phí vận chuyển và làm lợi cho xã hội hàng nghìn tỷ đồng mỗi năm, điều này góp phần rất lớn cho sự phát triển kinh tế-xã hội. Tính đến nay, Dự án đã phục vụ trên 22 triệu lượt phương tiện an toàn và thông suốt, với lưu lượng trung bình 28.000 – 30.000 lượt phương tiện/ngày đêm, ngày cao điểm lên tới 40.000 - 50.000 lượt phương tiện/ngày đêm.