Theo ông Phùng Hà, ngành phân bón gánh hàng nghìn tỷ đồng thuế không được khấu trừ mỗi năm. Khi không được khấu trừ thuế, các đơn vị sẽ suy giảm khả năng cạnh tranh. Do tỷ trọng giá trị các mặt hàng phân bón chủ yếu tập trung trong nước, thuế giá trị gia tăng do vậy có ý nghĩa lớn đối với các đơn vị trong ngành. Ước tính, với quy mô ngành phân bón trên 100.000 tỷ đồng hàng năm và tỷ lệ thuế toàn ngành không được khấu trừ ở mức 5% thì các đơn vị toàn ngành gánh chịu 3.000-4.000 tỷ đồng/năm. 

Việc tháo gỡ khó khăn với ngành sản xuất – kinh doanh phân bón thông qua áp dụng mức thuế giá trị gia tăng là cấp thiết, sẽ giúp đơn vị trong ngành nâng cao nội lực, giảm giá bán thông qua hạ giá thành sản phẩm, giúp bà con nông dân tiết kiệm được chi phí đầu vào, nâng cao hiệu quả trong quá trình sản xuất, canh tác. Từ đó, giúp củng cố, phát triển ngành nông nghiệp Việt Nam phát triển bền vững trong tương lai. Đây là sự cộng sinh cần thiết giữa nhà nước – doanh nghiệp – người tiêu dùng.

Theo thống kê của Hiệp hội Phân bón Việt Nam, từ năm 2015, khi phân bón được xếp vào mặt hàng không chịu thuế giá trị gia tăng, mỗi năm Công ty cổ phần Phân bón Dầu khí Cà Mau không được khấu trừ gần 350 tỷ đồng tiền thuế. Tổng công ty Phân bón và hóa chất Dầu khí  từ năm 2015 đến nay không được khấu trừ 1.637 tỷ đồng tiền thuế. Các đơn vị thuộc Tập đoàn Hóa chất Việt Nam (Vinachem) không được khấu trừ khoảng 3.646 tỷ đồng tiền thuế.

Bối cảnh kinh doanh của các doanh nghiệp phân bón trên thực tế vẫn có nhiều thách thức. Biến đổi khí hậu toàn cầu tiếp tục diễn ra khốc liệt trong năm 2020, khô hạn kéo dài tại nhiều địa phương trên cả nước, thời tiết có nhiều diễn biến cực đoan như giông, lốc xoáy, mưa đá, mưa a xít gây thiệt hại chưa từng có tại khu vực miền Bắc.

Tình hình hạn hán xảy ra tại khu vực Bắc Trung bộ, miền Trung và xâm nhập mặn kéo dài trên diện rộng khu vực Đồng bằng sông Cửu Long đã làm giảm diện tích canh tác, ảnh hưởng tiêu cực đến năng suất cây trồng và trực tiếp làm giảm nhu cầu sử dụng phân bón của bà con nông dân từ 18 - 25% so với mọi năm.

Bên cạnh đó, sản xuất nông nghiệp trong nước năm 2020 gặp nhiều khó khăn do tác động của dịch Covid-19. Lần đầu tiên tại Việt Nam, cả nước thực hiện chính sách “cách ly xã hội”; nhân viên bán hàng, tiếp thị bị nhà phân phối từ chối tiếp xúc do lo ngại dịch bệnh. Các hoạt động giao thương, vận chuyển, đi lại hàng ngày bị tạm dừng hoặc hạn chế.

Tình hình dịch bệnh dẫn đến hạn chế giao thương làm ảnh hưởng đến hoạt động xuất nhập khẩu, nhất là các mặt hàng nông sản, làm cho giá nông sản giảm mạnh tại một số thời điểm, kéo theo suy giảm về đầu tư cho sản xuất, trong đó có phân bón.

Trong khi đó, các doanh nghiệp phân bón vẫn khó khăn do mất lợi thế cạnh tranh với phân bón nhập khẩu, chi phí đầu vào tăng. 9 tháng năm 2020, trong 9 doanh nghiệp phân bón niêm yết thì chỉ có ba doanh nghiệp là Đạm Cà Mau, Đạm Phú Mỹ và Phân bón Bình Điền có lợi nhuận tăng trưởng. Các doanh nghiệp còn lại đều bị sụt giảm lớn về lợi nhuận so với năm 2019, thậm chí thua lỗ nặng.

Theo Hiệp hội Phân bón Việt Nam, nếu chính sách thuế không sửa đổi kịp thời, dự báo sang năm 2021, các doanh nghiệp phân bón sẽ tiếp tục gặp khó khăn rất lớn. Đạm Phú Mỹ và Đạm Cà Mau có lãi tăng trưởng là nhờ hưởng lợi từ giá dầu giảm, dẫn đến giá khí đầu vào giảm.

Việc sửa đổi thuế giá trị gia tăng với mặt hàng phân bón còn có ý nghĩa lớn hơn là giúp doanh nghiệp cạnh tranh bình đẳng với phân bón nhập khẩu và khuyến khích đầu tư, cải tiến chất lượng sản phẩm, tạo ra tệp sản phẩm phong phú phục vụ bà con nông dân khi doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mới.