Trong các chính sách hỗ trợ về thuế đối với khu vực kinh tế hợp tác, hợp tác xã thì có 2 chính sách thuế quan trọng nhất là thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế giá trị gia tăng.

Hiện nay, hợp tác xã được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các khoản thu từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông, thủy sản, sản xuất muối; thu nhập của hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

Bên cạnh đó, áp dụng thuế suất ưu đãi 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với phần thu nhập của hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp không thuộc địa bàn kinh tế - xã hội khó khăn và địa bàn kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

Đối với thuế giá trị gia tăng, hiện nay chính sách thuế giá trị gia tăng đối với các hợp tác xã được tập trung ưu đãi trong lĩnh vực nông nghiệp, nhất là đối với những sản phẩm nông nghiệp chưa qua chế biến. Cụ thể, sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của hợp tác xã tự sản xuất, đánh bắt bán ra thì thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. 

Đồng thời, áp dụng mức thuế suất 5% đối với hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác.

Để hỗ trợ các hợp tác xã nông nghiệp nắm bắt kịp thời chính sách thuế, ưu đãi thuế cho hợp tác xã nông nghiệp, Nhà nước đã đặt ra nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu để khu vực kinh tế tập thể, hợp tác xã phát triển là sớm xây dựng, ban hành các văn bản quy định chi tiết, hướng dẫn thi hành Luật Hợp tác xã năm 2023 (có hiệu lực từ ngày 1/7/2024)

Ở nhiều địa phương như Thái Nguyên, Lâm Đồng, Đắk Lắk, Đồng Tháp, An Giang, Cà Mau..., nhiều hợp tác xã đóng vai trò quan trọng trong việc phát triển vùng sản xuất nông nghiệp hàng hóa quy mô lớn phục vụ chế biến, xuất khẩu.

Theo đó, sản phẩm của các hợp tác xã ngày càng đa dạng, phong phú, trong đó nhiều sản phẩm có giá trị cao, đáp ứng ngày càng tốt hơn nhu cầu của thị trường. Trong Chương trình mỗi xã một sản phẩm (OCOP), cả nước có trên 5,3 nghìn chủ thể, trong đó có 38,1% là từ các hợp tác xã.

Khu vực kinh tế tập thể, hợp tác xã vừa đóng góp trực tiếp vào tăng trưởng kinh tế (theo số liệu của Tổng cục Thống kê, khu vực kinh tế tập thể, hợp tác xã đóng góp gần 4% GDP), vừa đóng góp gián tiếp thông qua tác động tới kinh tế hộ thành viên, góp phần quan trọng thúc đẩy phát triển khu vực kinh tế cá thể, hộ gia đình (hiện đang chiếm khoảng 30% GDP cả nước). 

Bên cạnh đó, các hợp tác xã nông nghiệp cũng đóng vai trò quan trọng trong giải quyết việc làm ở nông thôn, góp phần ổn định giá dịch vụ vật tư đầu vào cho sản xuất kinh doanh và phát triển kinh tế hộ thành viên. Nhiều hợp tác xã hoạt động tín dụng nội bộ, hỗ trợ cung ứng vốn kịp thời cho hộ thành viên sản xuất, giải quyết khó khăn trong sinh hoạt, xóa tình trạng tín dụng đen trong nông thôn, góp phần đảm bảo an sinh xã hội và thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia về xây dựng nông thôn mới.

Tại Diễn đàn Kinh tế hợp tác, hợp tác xã năm 2024 diễn ra ngày 2/2/2024, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính đánh giá cao và biểu dương những nỗ lực, cố gắng và chúc mừng những kết quả đáng ghi nhận của khu vực kinh tế tập thể, hợp tác xã đã đạt được thời gian qua; đánh giá cao sự nỗ lực, cố gắng, ngày càng chủ động của khu vực kinh tế tập thể, hợp tác xã. 

Thủ tướng Chính phủ cũng biểu dương Bộ Kế hoạch và Đầu tư với vai trò giúp Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về hợp tác xã, cùng với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Liên minh Hợp tác xã Việt Nam là những cơ quan nòng cốt trong phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã.

Chính phủ luôn khuyến khích và tạo mọi điều kiện thuận lợi theo quy định của pháp luật để khu vực kinh tế tập thể, hợp tác xã phát triển nhanh, bền vững, bao trùm, toàn diện, đóng góp ngày càng tích cực và hiệu quả vào thành tựu phát triển kinh tế - xã hội chung của đất nước.